а может просто вирус? если оболочка таки запускаеться хоть и вручную, то есть смысл проверить на вирусы.
В безопасном режиме все нормально запускаеться? или тоже такая же проблема? Фунцию "загрузка последней удачной конфигурации" пробовали? результаты отличались?
Сори за кучу вопросов, но хирургия - последнее средство